生物工程研究所成立于2005年。

研究所建有生物化学实验室、工业微生物学实验室、分子生物学实验室、植物组织培养实验室、生物制药创新实验室、生物工程专业实验室、生物技术专业实验室等。拥有PCR仪、高速离心机、发酵罐、电泳仪、超低温冰箱、凝胶成像系统、厌氧工作站、植物生理监控系统、高效液相色谱仪、膜过滤系统、OLYMPUS系统相差显微镜、植物细胞培养反应器等一批先进的教学科研设备。

研究所主要研究方向包括：基因工程与微生物定向育种、微生物过程工程、植物细胞培养与天然产物开发、生物分离工程与分离介质制备等。

所长：金志华（教授，硕士生导师）

副所长：吴志革（副教授）

副所长：胡升（副教授）